W Archiwum obowiązuje struktura organizacyjna określona w § 9 Statutu Archiwum, w skład której wchodzą wymienione poniżej komórki organizacyjne
1. Oddział I opracowania i udostępniania materiałów archiwalnych (oznaczenie komórki organizacyjnej – O1), w skład którego wchodzi:
1.1. Czytelnia z Biblioteką,
1.2. Pracownia digitalizacji;
2. Oddział II nadzoru nad narastającym zasobem archiwalnym (oznaczenie komórki organizacyjnej – O2), w skład którego wchodzi:
2.2. Stanowisko ds. przechowalnictwa (oznaczenie – P);
3. Oddział III administracyjno – Gospodarczy (oznaczenie komórki organizacyjnej – AG);
4. Oddział IV finansowo – Księgowy (oznaczenie komórki organizacyjnej – FK);
5. Oddział zamiejscowy w Kutnie, noszący nazwę Archiwum Państwowe w Płocku, Oddział w Kutnie
(oznaczenie komórki organizacyjnej – OK),
6. Oddział zamiejscowy w Łęczycy, noszący nazwę Archiwum Państwowe w Płocku, Oddział w Łęczycy
(oznaczenie komórki organizacyjnej – OŁ).