W Archiwum obowiązuje struktura organizacyjna określona w § 8 Statutu Archiwum Państwowego w Płocku, w skład której wchodzą wymienione poniżej komórki organizacyjne:
1. Oddział I kształtowania narodowego zasobu archiwalnego(oznaczenie komórki organizacyjnej – ON);
2. Oddział II ewidencji, opracowania i zabezpieczania zasobu archiwalnego (oznaczenie komórki organizacyjnej – OE);
3. Oddział III udostępniania zasobu archiwalnego (oznaczenie komórki organizacyjnej – OU);
4. Stanowisko do spraw popularyzacji zasobu archiwalnego (oznaczenie komórki organizacyjnej – SP);
5. Dział administracyjno-gospodarczy (oznaczenie komórki organizacyjnej – AG);
6. Dział finansowo – Księgowy (oznaczenie komórki organizacyjnej – FK);
7. Stanowisko do spraw kadr i rozwoju zawodowego (oznaczenie komórki organizacyjnej – SK);
8. Oddział zamiejscowy w Kutnie, noszący nazwę: Archiwum Państwowe w Płocku Oddział w Kutnie
(oznaczenie komórki organizacyjnej – OK);
9. Oddział zamiejscowy w Łęczycy, noszący nazwę: Archiwum Państwowe w Płocku Oddział w Łęczycy
(oznaczenie komórki organizacyjnej – OŁ).